当前研究已经发现个体间基因组结构变异（SV）会影响基因表达和性状变异，但在物种水平上SV的影响程度和规模仍不清楚。在本研究中，我们从16个代表性甘蓝型油菜（Brassica napus）品系的基因组组装中构建了一个包含334,461个结构变异（SVs）的数据集，并在2,105个重测序基因组中检测到了258,865个SVs。结合5个组织的群体转录组数据，我们发现285,976个与73,580个基因表达变化相关的结构变异表达数量性状位点（eQTLs）。我们开发出一套用于高通量分析结构变异全基因组关联分析（SV-GWAS）、表型数据的全转录组关联分析（TWAS）、表达数量性状位点分析（eQTL）以及eQTL-GWAS共定位的分析流程，并鉴定到726个“结构变异-基因表达-性状变异”关联，其中部分关联通过转基因技术得到了验证。硫代葡萄糖苷生物合成和转运途径证明结构变异在重塑性状变异方面的影响。本研究发现了全基因组在物种水平上的结构变异的重要影响，为进化研究、基因发现和育种工作提供了重要的方法策略和宝贵资源。