利用微生物组新技术检测和应对感染、解析微生物组代谢潜力和效应分子，以及阐述免疫失调中微生物组与宿主的关键免疫互作。在该领域发表论文共90余篇，影响因子>1500，引用>14500，近五年以最后或共同通讯作者身份在Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe、iMeta (2篇)、Science Bulletin、Nature Communications、Advanced Science (4篇)、Microbiome (2篇)等杂志发表SCI论文48篇，累计影响因子>660。2017年获得国家“千人计划”青年项目资助，同时获得由德国马普学会任命的马普合作伙伴小组组长 (Max-Planck Partner Group Leader) ，2022年获得北京市杰出青年科学基金项目资助。主持国家“病原学与防疫技术体系研究”重点专项，获得2023年度中源协和生命医学“创新突破奖”，中科院优秀导师（2022、2023年度）和中国科学院大学领雁奖银奖（2023年度）。